主要包括以下两点风险：
1．组织实施风险：按照科技计划管理改革要求，创新链布局深部岩体力学与开采理论研究，是一个全新的尝试和探索，对于实施中存在的风险尚不能准确评估，一方面需要提高顶层设计的针对性，同时需要在实施过程中及时评估和动态调整，降低实施风险。
2．协调管理风险：深部岩体力学与开采理论研究是一个多部门联合管理、多学科综合集成的基础研究项目，研发计划的有效实施需要多个部门之间的协调。需要充分发挥部门、行业、地方的组织协调作用，鼓励有条件的矿山企业参与专项的实施，形成科技－管理－产业等多层面良性互动机制来规避管理风险，保障专项取得预期成果和成果落地。